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分子モデルの表示

pdbファイルの“Import”

　QUANTAでは、pdb形式の構造ファイルをmsf形式に変換する必要がある。
　手順は以下の通り。
  1. “QUANTA”メニュー“File”から“Import single structure” を選択(図1.2.1)。
    ⇒“Select File to Import”が表示。
  2. 目的のpdbファイル（例“kn_rig.pdb”）を選択し、“Import”をクリック(図1.2.2)。
    ⇒“QUANTA”画面に構造が表示される(図1.2.3)。

　以上で、pdbファイルがmsfファイルに変換。
　＊変換後のmsfファイルは、作業フォルダに保存されている。
　＊ファイル名(拡張子msf)は、読み込んだファイル名に従って付けられる(例では“kn_rig.msf”となる)。


(図1.2.1) “QUANTA”メニュー“File”


(図1.2.2) “Select File to import”

(図1.2.3) “QUANTA”画面と“Molecule Management”パレット
　分子構造を読み込むと“Molecule Management”パレットに、構造の情報が表示される。

①：読み込んだファイルの名称
②：全原子数
③：“Yes”で操作が可能
④：“Yes”で可視
⑤：②のうち表示されている原子数
⑥：アミノ酸残基数
⑦：表示されている分子数
⑧：操作対象となっているファイル(msf形式)


msfファイルの“Open”“Close”

“Open”
　既にmsf形式に変換されている構造ファイルは、次の手順で開く。
  1. “QUANTA”メニュー“File”→“Open”でファイルを選択(図1.2.1)。
    ⇒“QUANTA”画面に構造が表示される。
“Close”
　閉じる際は次の手順。
  1. “QUANTA”メニュー“File”→“Close”。
    ⇒“Select MSFs to Close”が表示(図1.2.4)。
  2. “Keep Open:”から、閉じるファイルをクリック。
    ⇒“Close:”にクリックしたファイルが表示。
  3. “OK”


(図1.2.4) “Select MSFs to Close”


分子モデルの表示スタイル

　モデルの表示スタイルは、“QUANTA”メニュー“Draw” →“Display Atoms”で変更可能(図1.2.5)。
　精密化の過程では通常“All Atoms”。


(図1.2.5) 分子の表示
(a) All Atoms、(b) Protein Backbone、(c) C-Alpha Trace


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