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分子モデルの操作

構造の操作

　分子構造の精密化を行う上での最初の課題は、“QUANTA”画面に表示された分子をコントロールする、つまり作業しやすい様に表示された構造を動かす方法を習得することである。
　“Dials”パレット(図1.3.1)でも分子の操作を行えるが、マウス及びShiftキーを用いて操作する方が、より効率的である。
　操作方法は以下の通り。

“Dials”パレット
CLIP
SCALE
Z TRANSLATE
Y TRANSLATE
X TRANSLATE
Z ROTATE
Y ROTATE
X ROTATE
 (動作)
(深度変更)
(倍率変更)
(Ｚ軸移動)
(Ｙ軸移動)
(Ｘ軸移動)
(Ｚ軸回転)
(Ｙ軸回転)
(Ｘ軸回転)
 マウス操作
“Shift”＋マウス左ボタン、Ｙ方向移動。
“Shift”、Ｙ方向移動。
“Shift”＋マウス右ボタン、Ｘ方向移動。
“Shift”＋マウス中央ボタン、Ｙ方向移動。
“Shift”＋マウス中央ボタン、Ｘ方向移動。
マウス右ボタン、Ｘ方向移動。
マウス中央ボタン、Ｘ方向移動。
マウス中央ボタン、Ｙ方向移動。


(図1.3.1)“Dials”パレット

　なお、最初の分子表示に戻すには“Dials”パレットのダイヤル1“RESET VIEW”(図1.3.1赤丸)をクリックする。

立体学的情報の確認

　QUANTA起動時に展開される“Geometry”パレット(図1.3.2)から、分子モデルに関する情報を得ることができる。
　その機能の幾つかを次に示す。
(図1.3.2) “Geometry”パレット
“Distance”
　原子間の距離を表示。
  1. パレットの“Distance”、“Show Distance Monitors”をクリック。
    ⇒選択するとチェックマークが付く。
  2. “QUANTA”画面上で、距離表示させる原子を順に二つクリック。
    ⇒画面上に距離が表示される(図1.3.3)。
  3. 距離表示を消す際は、“Delete Distance Monitors”をクリック。

(図1.3.3) 原子間距離の表示
①、②の原子を順にクリック。
“Bond Angle”
　原子間の角度を表示。
  1. パレットの“Bond Angle”、“Show Angle Monitors”をクリック。
    ⇒選択するとチェックマークが付く。
  2. “QUANTA”画面上で、角度表示させる部位の原子を順に三つクリック。
    ⇒画面上に角度が表示される(図1.3.4)。
  3. 角度表示を消す際は、“Delete Angle Monitors”をクリック。

(図1.3.4) 角度の表示
①～③の原子を順にクリック。
“Dihedral”
　二面角を表示。
  1. パレットの“Dihedral”、“Show Dihedral Monitors”をクリック。
    ⇒選択するとチェックマークが付く。
  2. “QUANTA”画面上で、角度表示させる結合部の原子を順に四つクリック。
    ⇒画面上に二面角が表示される(図1.3.5)。
  3. 角度表示を消す際は、“Delete Dihedral Monitors”をクリック。
(図1.3.5) 二面角の表示
①～④の原子を順にクリック

“Show Neighbors”
　特定の原子あるいはアミノ酸残基の近傍に存在する原子とその距離を表示。
  1. パレットの“Show Nighbors”をクリック
    ⇒“Atom Neighbor”、“Residue Neighbor”が実線表示され、選択可能になる。
  2. 特定の原子の近傍を表示させる場合は、“Atom Neighbor”
    残基全体の近傍を表示させる場合は、“Residue Neighbor”
    をクリック。
  3. “QUANTA”画面上で、目的の原子(残基中の一原子)をクリック。
    ⇒選択した原子近隣の原子との距離が表示される。
  4. 表示を消す際は、“Show Nighbors”を再びクリック。
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