QUANTA> QUANTAの基本操作> 電子密度の表示

電子密度の表示

mapファイルの“Import”

　QUANTAでは、CNXによるmap形式の電子密度ファイルをmbk形式に変換する必要がある。
　手順は以下の通り。

  1. “QUANTA”メニュー“Draw”→“Map Table”→“Show Map Table”(図1.4.1)を選択。
    ⇒“Map Management”が表示(図1.4.2)。
  2. “Map Management”メニュー“Maps”→“Import”→“CNX/X-PLOR ACSII”
    ⇒“Choose the XPLA format file”が表示(図1.4.3)。
  3. 表示されたリストから、目的のmapファイル(例では“2fofc.map”)をクリックし“Open”。
    ⇒“Choose the output QUANTA bricked map file”が表示(図1.4.4)。
  4. “Filename”に拡張子がmbkの名称(例“2fofc.mbk”)を入力し“Save”。
    ⇒“Define Contour Levels and Characteristics”が表示(図1.4.5)。

　以上で、mapファイルが、QUANTAで使用可能なmbkファイルに変換される。
　＊作成されたmsfファイルは作業フォルダに保存されている。

　引き続き、次のシグマレベルの設定を行う。


(図1.4.1) “QUANTA”メニュー“Draw”


(図1.4.2) “Map Management”


(図1.4.3) “Choose the XPLA format file”


(図1.4.4)“Choose the output QUANTA bricked map file”


シグマレベルの設定

　電子密度ファイルを読み込むと、“Define Contour Levels and Characteristics”が表示される(図1.4.5)。
　このパレットでシグマレベルを設定する。

レベル自動設定
　最初のレベル設定は自動設定で良いと思う。
　必要に応じて任意に設定。

  1. “Define Contour Levels”の“Include”をチェック(×表示)。
  2. “Levels from Sigma”をクリック。
    ⇒“Levels”欄にシグマレベルが自動入力される
  3. “Ok”をクリック。
    ⇒“Maps Management”パレット(図1.4.2)に入力したファイル名が表示。

　なお、電子密度は以上の操作では“QUANTA”画面に表示されていない。
　X-Build等を起動すると表示される。

任意のレベル設定
　自動入力されたレベルの電子密度では精密化が困難な場合、任意のレベルを設定する。
　例えば、四つのレベル(1.0、1.25、1.5、1.75シグマ) を設定する場合

  1. “Include”上から四つをチェック。
  2. “Level”に上から順に値(1.0、1.25、1.5、1.75)を手入力。
  3. “OK”をクリック


(図1.4.5) “Define Contour Levels and Characteristics”


シグマレベルの選択
　構造精密化の過程では、電子密度を1.0〜2.0シグマ程度で表示すると見やすいことが多いが、状況に応じてシグマレベルの設定を変える良い。

　例えば、図1.4.6(a)の様に、1.0シグマ表示では、確認することができなかった側鎖全体の電子密度を、0.8シグマ表示(b)では確認することができる。 逆に、2.0シグマ表示(c)では、曖昧だった側鎖の電子密度とモデルとのズレを、2.5シグマ表示(d)で確認することができる。

　簡単に言えば、精密化しやすいレベルで電子密度を表示すれば良い。



(図1.4.6) レベルの設定


電子密度の表示
　“X-Build”を起動する(後述)と“QUANTA”画面には、設定した全てのシグマレベルの電子密度が表示される(図1.4.7左)。
　邪魔なレベルの電子密度は“Maps Management”の“Level”の数値(図1.4.7右：赤丸))をクリックすると、未表示にできる(図1.4.7右)。
　なお、電子密度そのものを未表示にする場合は、“Display”欄の“Yes”をクリックし“No”にする。


(図1.4.7) 電子密度の表示
青表示“Level”の電子密度が画面に表示され、黒字は表示されていない。


mbkファイルの“Add”“Close”

“Add”
　既に作成されたmbk形式の電子密度ファイルは、次の手順で開くことができる。
　複数のmbkファイルを読み込む場合は、以下の手順を繰り返せば良い。
  1. “Map Management”メニュー(図1.4.2)“Maps”→“Add a map”
    ⇒“Pick the brickmap file”が表示。
  2. “Filename”にファイル名(mbkファイル)を入力し、“Open”。
    ⇒“Define Contour Levels and Characteristics”が表示(図1.4.5)。
  3. 前述のシグマレベルの設定を実施。
“Close”
　閉じる際は以下の手順。
  1. “Map Management”メニュー(図1.4.2)“Maps”→“Close a map”
    ⇒ファイルが閉じる。
    　＊複数のファイルが開かれている場合、ファイルの選択画面“Which map should be …”が表示される。
    　　適切なものを選んで（クリック：青地表示）、“OK”。
Back