QUANTA> X-Build > 分子モデルのチェック

分子モデルのチェック

“Squid Validate”〜問題点の確認

　“Squiid Validae”機能を用いて、修正した分子構造の整合性、構造的な問題を確認する。
　なお、精密化が終了した最終モデルのチェックは、CCP4i“PROCHECK”を利用するのが一般的である。

　手順は以下の通り。

  1. “X-AUTOFIT X-BUILD”パレット“Squid Validate”をクリック。
    ⇒“Validate”パレットが表示(図2.4.1)。
  2. 確認する項目をチェック(×表示)。
    ＊図2.4.1では全ての項目をチェックしている。
  3. “ok”。
    ⇒“Scratch Table”(図2.4.2)が表示され、チェック開始。
  4. チェック終了後(“Search Table”が消える)、問題のある箇所およびその内容が“QUANTA”画面に表示される(図2.4.3)。
    ＊エラー箇所の表示は、再び“Squid Validate” を起動し“Validate”→“cancel”で消える。

(図2.4.1) Validate”


(図2.4.2) “Scratch Table”　


(図2.4.3) エラー箇所の表示


　修正は次の“Text”から実施する。

“Text”〜問題点の修正〜

“Squid Validate”で探索した問題点を、“Text”機能で修正する。
　なお、問題箇所を修正するか、さらに修正内容を容認するかは、電子密度と照らし合わせながら判断する。

　手順は以下の通り。

  1. “X-AUTOFIT X-Build”パレットの“Text”をクリック。
    ⇒“3D Text”パレットが表示(図2.4.4)。
  2. “Goto next (previous) text”で、エラー箇所へポインターを移動。
  3. “… Fix Validate error”をクリックし、修正する。
    ＊エラー内容によって新たなパレットが表示される。
    　その場合は、各パレットごとに必要な操作を行う。
(図2.4.4)“3D Text”

　QUANTAによる精密化を進める上で最も重要なことは、分子モデルを電子密度にフィッティングさせることである。
　立体化学的パラメーターを修正する各機能(“Regularize”や“3D Text”など)は、理論的にも正しい構造へ精密化する上で重要だが、その結果が電子密度にもフィットしていることが大前提である。

Back