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CNX Interfaceの実行

CNX Interfaceの起動・初期設定

　“QUANTA”メニュー“Application”→“CNX Interface”を選択。
　⇒“CNX Interface”パレットが表示(図5.2.1)。

　“CNX Interface”パレットから、以下の設定を行う。

“Set Symmetry”
  1. “Set Symmetry”をクリック。
    ⇒“Set Symmetry for which molecule?”が表示(図5.2.2)。
    ＊蛋白質分子のファイルのみの場合、表示されない。
  2. 蛋白質分子のファイル(・・・_Protein.msf)を選択し“OK”
    ⇒“How do you to sepecify symmetry operations?”が表示(図5.2.3)。
    ＊CNX Interface2回目以降で“Update coordinate”を実施していると別パネル(図5.2.4)が表示。
  3. “Take symmetry operations from library file”を選択し“OK”。
    ⇒結晶学的情報の入力手順 (“Symmetry”パレット“Define symmetry”)を参考に設定。
(図5.2.1) “CNX Interface”


(図5.2.2) 構造ファイルの選択
(図5.2.3) 対称分子の設定
(図5.2.4) 空間群の確認
CNX Interfaceの初回には表示されない

“Parameter Set”
  1. “Parameter Set”をクリック。
    ⇒“Choose which parameter set to use:”が表示(図5.2.5)。
  2. “Use Engh & Huber parameters”を選択し“OK”。
“Set-up Structure Factors”
  1. “Set-up Structure Factors”をクリック。
    ⇒“Select Reflection File”が表示(図5.2.6)。
  2. 解析に使用している反射ファイル（例では“un.cv”)を選択し、
    分解能を入力。
  3. “Open”。
“Generate CNX PSF”
  1. “Generate CNX PSF”をクリック。
    ⇒プログラム(CNX“generate_easy.inp”と同等)が実行される。
    ＊正常に終了すると“CNXinterface”パレットで“Refine Structure”等が実線で表示され機能が利用可能になる。


(図5.2.5) “Choose which parameter set to use”


(図5.2.6) “Select Reflection File”


“Refine Structure”による構造精密化

　“Refine Structure”の実行は、CNXプログラム“refine.inp”を実行することと同じ。
　以下、“CNX Interface”パレット(図5.2.1)から作業を開始。

  1. “Refine Structure”をクリック。
    ⇒“Positional Refinement Settings”が表示(図5.2.7)。
  2. 精密化法(①～③)のパラメーター設定を行う (参考「CNX Interfaceのパラメーター設定」)。
    ⇒実行する精密化法にチェック(×表示)。
  3. 電子密度(2fofc 及びfofc マップ)を作成する場合、“Generate Maps post-refinement”をチェック。
    ＊電子密度の作成は、“Map Generation”でも可能。
  4. “Root name for input/output files:”に任意の名称を入力(例では“kn_B1_refine”)。
  5. “Choose Action:”から適切なものを選択し“OK”。
    ⇒精密化プログラム実行。
    ＊正常にプログラムが開始されると、“QUANTA Textport”に“cnx.bat started...”と表示(図5.2.8)。
  6. “QUANTA Textport”・“cnx.bat finished”表示で、プログラム終了(図5.2.8)。
    ⇒作業ディレクトリに以下のファイルが新規作成。
    　・構造ファイル(pdb形式。例では“kn_B1_refine.pdb”)。
    　・3.を選択した場合、二つのmapファイル(“kn_B1_refine_2fofc.map”、“kn_B1_refine_fofc.map”）。

(図5.2.7) “Positional Refinement Setting”

(図5.2.8) “QUATA Textport”

参考：“Choose Action:”

　各Actionの内訳は以下の通り。
　通常は“Wait for Calculation to comlete”で良いと思う。

“Map Generation”による電子密度マップの作成

　“Refine Structure”の“Generate Maps post-refinement”でも電子密度の作製できる。
　“Map Generation”では加えてomit マップ等の作成が可能となる。

  1. “Map Generation”をクリック。
    ⇒“Map Calculation Settings”が表示(図5.2.9)。
  2. “Choose which type of map to calculate:”で作製する電子密度を選択 (参考「CNX Interfaceのパラメーター設定」)。
    ⇒例では2fo-fc mapが作製される。
  3. “Root name for input/output files:”に任意の名称(例では“kn_B1”)を入力。
  4. “Choose Action:”から適切なものを選択し“OK”。
    ⇒プログラムが実行。
  5. プログラム終了後(図5.2.8)、作業ディレクトリに新規のmapファイルが作成されている(例では“kn_B1_2fofc.map”)。
  6. 必要に応じて、他の形式の電子密度を作製する(＝1.～5.を繰り返す)。

(図5.2.9) “Map Calculation Settings”

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